Ústavný súd Slovenskej republiky (ďalej len "Ústavný súd") na neverejnom zasadnutí senátu 26. marca 2025 prerokoval sťažnosť sťažovateľky, ktorou namietala porušenie základného práva podľa čl. 20 ods. 1 a čl. 46 ods. 1 Ústavy Slovenskej republiky (ďalej len "Ústava") a práva podľa čl. 6 ods. 1 Dohovoru o ochrane ľudských práv a základných slobôd rozsudkom Najvyššieho správneho súdu (ďalej len "najvyšší správny súd"), sp. zn. 1Sžfk/4/2021 z 27. marca 2024, a v časti namietaného porušenia čl. 20 ods. 1 a čl. 46 ods. 1 Ústavy ju prijal na ďalšie konanie.
Sťažovateľka podala 23. apríla 2008 daňové priznanie k dani z pridanej hodnoty (ďalej len "DPH") za zdaňovacie obdobie 1. štvrťrok 2008, v ktorom si uplatnila nadmerný odpočet vo výške 100 583 462 Sk (3 338 759,28 eur). Daňový úrad Trnava (ďalej len "správca dane") začal 2. augusta 2008 daňovú kontrolu na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie 1. štvrťrok 2008, ktorú ukončil 14. novembra 2008. Kontrolou bol zistený nadmerný odpočet v sume uplatnenej sťažovateľkou v daňovom priznaní za zdaňovacie obdobie 1. štvrťrok 2008. Nadmerný odpočet za kontrolované zdaňovacie obdobie správca dane podľa § 79 ods. 2 zákona č. 222/2004 Z.z. o dani z pridanej hodnoty (ďalej len "zákon o DPH"), v znení účinnom do 31. marca 2009, poukázal na účet žalobcu 24. novembra 2008 (v lehote desiatich dní od skončenia kontroly).
Dňa 27. decembra 2011 bola správcovi dane doručená žiadosť sťažovateľky o vyplatenie úroku z dôvodu vrátenia nadmerného odpočtu DPH za 1. štvrťrok 2008 po lehote. Žalobca žiadal o vyplatenie úroku podľa § 35b ods. 6 zákona Slovenskej národnej rady č. 511/1992 Zb. o správe daní a poplatkov a o zmenách v sústave územných finančných orgánov v znení účinnom do 31. decembra 2011 (ďalej len "zákon o správe daní") z dôvodu vrátenia nadmerného odpočtu na DPH za zdaňovacie obdobie 1. štvrťrok 2008 po lehote ustanovenej zákonom v celkovej výške 139 953,47 eur.
V poradí druhým rozhodnutím (po zrušení prvého rozhodnutia správnym súdom, pozn.) zo 7. júna 2018 správca dane rozhodol, že nevyhovuje žiadosti o vyplatenie sankčného úroku podľa § 35b ods. 6 zákona o správe daní a sankčný úrok nepriznáva. Uviedol, že nie sú splnené podmienky na priznanie sankčného úroku za neoprávnene zadržiavané peňažné prostriedky.
Na odvolanie sťažovateľky Finančné riaditeľstvo Slovenskej republiky rozhodnutím z 3. októbra 2018 podľa § 74 ods. 4 daňového poriadku v spojení s § 165b ods. 1 daňového poriadku rozhodnutie správcu dane potvrdilo. Z jeho odôvodnenia vyplynulo najmä to, že nadmerný odpočet za 1. štvrťrok 2008 bol vrátený v plnej sume v zákonnej lehote splatnosti podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH do 10 dní od skončenia daňovej kontroly, a preto nadmerný odpočet nebol zadržaný neoprávnene a právo na priznanie sankčného úroku za neoprávnene zadržiavané peňažné prostriedky tak v zmysle § 35b ods. 6 zákona o správe daní nevzniklo. Keďže bol nadmerný odpočet vrátený sťažovateľke v zákonnej lehote splatnosti, nevzniklo jej ani právo na priznanie úroku podľa § 63 ods. 6 zákona o správe daní.
Finančné riaditeľstvo sa nestotožnilo s právnym názorom sťažovateľky, že jej v zmysle eurokonformného výkladu zákona o správe daní patrí právo na finančnú kompenzáciu spočívajúcu v úroku, ktorý jej má patriť ako náhrada za to, že v období od 23. augusta 2008 do 24. novembra 2008 nemohla disponovať finančnými prostriedkami vo výške 3 338 759,28 eur. Fi